9ff636 No.26140 [Open Thread]
分子对接,分子动力学模拟计算
研究方向包括但不限于:生物,生化,医药,医学,药物,高分子,食品,材料,环境等可以计算的体系包括但不限于:生物体系,蛋白质,核酸,多肽,药物分子,聚合物,小分子等
常用软件:Gromacs,Lammps,Amber,
Autodock, MS.DS, Desmond.
AlphaFold, RosettaFold等
可接的内容包括但不限于:
1、蛋白三维模型搭建,如同源建模、从头建模等
2、生物三维结构分析,如蛋白在不同pH、温度、电场
下的三维结构变化等
3、动力学研究,如生物体系的弱相互作用分析、受
体-配体组装过程、结合自由能分析、材料体系的高分
子构象预测、材料与溶液界面性质、粗粒化模拟等
4、动力学数据分析,如回旋半径(RMSF)、径向分布函数(RDF)、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢键数量分析、亲疏水性分析等
5、药物相关模拟,如药物衍生物库设计、虚拟筛选、
成药性预测、毒性分析、QSAR预测模型构建等
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