heres a nice pdf, and czech critics top list from http://www.csfd.cz/kanon-filmu/filtr-domaci/?year=2007
1. Hoří, má panenko (1967) (Československo / Itálie, 1967, Miloš Forman)
2. Marketa Lazarová (1967) (Československo, 1967, František Vláčil)
3. Obchod na korze (1965) (Československo, 1965, Ján Kadár / Elmar Klos)
4. Ostře sledované vlaky (1966) (Československo, 1966, Jiří Menzel)
5. Spalovač mrtvol (1968) (Československo, 1968, Juraj Herz)
6. Intimní osvětlení (1965) (Československo, 1965, Ivan Passer)
7. Limonádový Joe aneb Koňská opera (1964) (Československo, 1964, Oldřich Lipský)
8. Případ pro začínajícího kata (1969) (Československo, 1969, Pavel Juráček)
9. Všichni dobří rodáci (1968) (Československo, 1968, Vojtěch Jasný)
10. Extase (1932) (Československo / Rakousko, 1932, Gustav Machatý)
11. Údolí včel (1967) (Československo, 1967, František Vláčil)
12. Démanty noci (1964) (Československo, 1964, Jan Němec)
13. Lásky jedné plavovlásky (1965) (Československo, 1965, Miloš Forman)
14. Sedmikrásky (1966) (Československo, 1966, Věra Chytilová)
15. Daleká cesta (1948) (Československo, 1948, Alfréd Radok)
16. Kočár do Vídně (1966) (Československo, 1966, Karel Kachyňa)
17. O slavnosti a hostech (1966) (Československo, 1966, Jan Němec)
18. Romance pro křídlovku (1966) (Československo, 1966, Otakar Vávra)
19. Adelheid (1969) (Československo, 1969, František Vláčil)
20. Černý Petr (1963) (Československo, 1963, Miloš Forman)
21. Obrazy starého sveta (1972) (Československo, 1972, Dušan Hanák)
22. Slnko v sieti (1962) (Československo, 1962, Štefan Uher)
23. Starci na chmelu (1964) (Československo, 1964, Ladislav Rychman)
24. Ucho (1970) (Československo, 1970, Karel Kachyňa)
25. Žert (1968) (Československo, 1968, Jaromil Jireš)
26. Až přijde kocour (1963) (Československo, 1963, Vojtěch Jasný)
27. Cesta do pravěku (1955) (Československo, 1955, Karel Zeman)
28. Kladivo na čarodějnice (1969) (Československo, 1969, Otakar Vávra)
29. Rozmarné léto (1967) (Československo, 1967, Jiří Menzel)
30. Vynález zkázy (1958) (Československo, 1958, Karel Zeman)
31. Erotikon (1929) (Československo, 1929, Gustav Machatý)
32. Skřivánci na niti (1969) (Československo, 1969, Jiří Menzel)
33. Návrat idiota (1999) (Česko / Německo, 1999, Saša Gedeon)
34. Nebeští jezdci (1968) (Československo, 1968, Jindřich Polák)
35. Petrolejové lampy (1971) (Československo, 1971, Juraj Herz)
36. Holubice (1960) (Československo, 1960, František Vláčil)
37. Sen noci svatojánské (1959) (Československo, 1959, Jiří Trnka)
38. Staré pověsti české (1952) (Československo, 1952, Jiří Trnka)
39. Ecce homo Homolka (1969) (Československo, 1969, Jaroslav Papoušek)
40. Něco z Alenky (1988) (Československo / Švýcarsko, 1988, Jan Švankmajer)
41. Valerie a týden divů (1970) (Československo, 1970, Jaromil Jireš)
42. Smuteční slavnost (1969) (Československo, 1969, Zdenek Sirový)
43. Transport z ráje (1962) (Československo, 1962, Zbyněk Brynych)
44. Zbehovia a pútnici (1968) (Československo / Itálie, 1968, Juraj Jakubisko)
45. Den sedmý, osmá noc (1969) (Československo, 1969, Jan Kačer / Evald Schorm)
46. Návrat ztraceného syna (1966) (Československo, 1966, Evald Schorm)
47. Vtáčkovia, siroty a blázni (1969) (Československo / Francie, 1969, Juraj Jakubisko)
48. Vojtěch, řečený sirotek (1989) (Československo, 1989, Zdeněk Tyc)
49. Vyšší princip (1960) (Československo, 1960, Jiří Krejčík)
50. Zahrada (1995) (Slovensko / Česko, 1995, Martin Šulík)
51. Postřižiny (1980) (Československo, 1980, Jiří Menzel)
52. Obecná škola (1991) (Československo, 1991, Jan Svěrák)
53. Slávnosť v botanickej záhrade (1969) (Československo, 1969, Elo Havetta)
54. Ovoce stromů rajských jíme (1969) (Československo / Belgie, 1969, Věra Chytilová)
55. Kolja (1996) (Česko / Velká Británie, 1996, Jan Svěrák)